Hromadné zásobovanie vody sa vo väčšine prípadov nezaobíde bez použitia chlóru alebo jeho zlúčeninami. Chlór likviduje organizmy spôsobujúce ochorenia deaktiváciou mikrobiálnej DNA a RNA. Výhodou je ľahké dávkovanie dezinfekčného prostriedku do vody, jeho vysoká účinnosť, jednoduchá kontrola koncentrácie, dostupnosť a nízka cena a jednoduchosť dávkovacích zariadení.
Okrem dezinfekcie sa chlór používa na oxidáciu železa, mangánu a sírovodíku, na zníženie zákalu vody ako aj pri ďalších procesoch filtrácie vody.
Chlór môže mať aj nepriaznivé účinky. Spotrebitelia sa stretávajú s nepríjemným chlórovým zápachom a mliečnym zákalom chlórovanej vody. Chlór je však prchavá látka, po napustení vody do pohára po chvíľke zápach vyprchá a voda sa vyčíri. Riešením je jednoduchá a lacná inštalácia filtra s aktívnym uhlím pred batériou (napr. pod drezom alebo pod batériou v sprchovom kúte). Takýto filter zachytáva chlór obsiahnutý vo vode, zabraňuje tvorbe trihalometánov, ktoré sa uvoľňujú hlavne z teplej vody pri sprchovaní. Nebezpečné je vdychovanie trihalometánov, ktoré sa môžu do tela dostať aj cez pokožku. Trihalometány vznikajú reakciou chlórovej vody s organickými zlúčeninami (napr. odumreté rastliny a iný biologický materiál). Jedná sa o karcinogénne a mutagénne látky.
Niektorí jedinci majú citlivú pokožku a pozorujú alergické reakcie na chlórovanú vodu vrátane sčervenania kože, kožných vyrážok a iných podráždení.
Ak je vo vode, ktorá sa má upravovať amoniak, vytvárajú sa chloramíny, zlúčeniny amoniaku a chlóru.
